生態環境部南京環境科學研究所（以下簡稱“南京所”）成立于1978年，是生態環境部直屬公益性科研機構，也是我國最早開展環境保護科研的院所之一。自成立以來，一直以生態保護與土壤污染防治為主要研究方向，致力于前瞻性、戰略性、基礎性及應用性環境課題的研究?？蒲蟹秶w生態保護與修復、自然保護地、生物多樣性保護與生物安全、生態文明建設、化學品生態效應與污染防治、固體廢物污染防治、流域生態保護與污染防治技術、土壤污染防治、農村環境與有機食品發展、環境管理與工程技術等10個研究領域、32個研究方向。依托相關研究成果，我所還在生態環境保護規劃、有機產品認證咨詢、農用化學品環境安全評估、污染場地修復及環境工程等方面開展了廣泛的技術咨詢工作。
南京所現有在職職工673人，其中中國工程院院士1名、高級職稱164人、博士178人、碩士371人。享受國務院政府特殊津貼11人，國家“百千萬”人才1人，環境保護專業技術領軍人才及青年拔尖人才13人，形成了一支以知名專家為引領、各領域科研骨干為依托、青壯年科技人員為主體的創新人才隊伍。南京所占地2.5公頃、建筑面積2.7萬平方米。
建所以來，共完成大、中型項目千余項，在國內外重要學術期刊上發表論文3000余篇，出版專著130余部，獲得國家發明和實用新型專利800余項，獲國家和省部級科技進步獎65項?！笆濉逼陂g，全所共主持制訂并由國家相關部委頒布實施的國家環境保護標準、技術規范、技術政策等200余項，為國家環境管理決策提供了有力的科技支撐，為各地的生態建設和污染防治提供了全方位的技術支持和服務。
南京所主辦的《生態與農村環境學報》(月刊)系生態環境部主管的中文核心期刊，學術影響一直在我國環境保護領域期刊中名列前茅，南京所與聯合國環境署、世界自然保護聯盟等10多個國際組織，以及美國、德國、荷蘭、挪威等30多個國家開展了廣泛的科研項目合作和人員交流。南京所和南京大學聯合創辦英文期刊Eco-Environment & Health，期刊以“大健康”理念為核心，關注生態、環境與健康的交互作用；重點聚焦生態與生物多樣性保護，新污染物的環境歸趨與生物過程，人體暴露與健康效應，環境風險的評價、管理與調控四個方向。
建所以來，南京所始終秉承“團結、奉獻、求實、創新”的所訓，積極參與國家和地方重大科研項目，已成為我國環境科技界的一支重要力量，為國家環境管理決策和深入打好污染防治攻堅戰提供了有力的科技支撐，為各地的生態建設和污染防治提供了全方位的技術支持和服務。
